Системные скрипты и стили в глобальный блок
Про оптимизацию JS и CSS уже писали. Я бы предложил еще одно, вынести весь набор системных стилей и скриптов в глобальные блоки, а в код всех сайтов поместить новые переменные от этого блока, например, $SYS_JS$ и $SYS_CSS$. Чтоб была возможность перемещать эти файлы по странице.