Файловый менеджер должен переспрашивать, если загружаем файлы с таким же названием

Это в любом случае надо чинить, потому что однозначно недоработка системы. Сейчас если загружать в папку файл, а там уже есть файл с таким же названием, то программа, ничего не переспрашивая, молча заменяет файлы. Так по невнимательности можно затереть часть файлов и лишь потом обнаружить, например, что вместо старых изображений уже совсем другие.